《全新世纪》讲述的是由星闪、绯樱、冷月、籁音这四个人编织的故事。他们四人莫名的被某种力量带到了一个世界，并生活在了这个世界上。但是来得莫名，自然身份也绝对不是普通人。于是在不知真情的状况下被人利用踏上了寻找千年崩坏之谜的旅途。但这其中各种各样的人都有，到底谁在利用他们，谁又在帮助他们，这一去到底是在阻止崩坏还是在触发崩坏？

游戏将会从霸王大陆的狄修斯城开始，在那里玩家将会接到第一个任务，去寻找失踪的学生。至此，玩家们的冒险就开始了，任务是以往作品中出现过的东西，全游戏包括情节任务在内共有近20个任务，不同的时期会出现不同的任务，不同的任务完成后又会延伸出新的任务。不过想完成任务有前提的，那就是必须去触发它，因为任务是不会无缘无故的出现在你的任务栏里的。另外要注意的是剧情和个别隐藏事件是不会出现在任务栏中的。

冒险自然离不开世界，这次世界虽然只有一个，但除了四个大陆（分别是：霸王、金月、圣龙、冰雪）外还有海底、海岛、次元空间、浮空大陆等，非常丰富。