《赏金奇兵2：赫多兰朵》的故事背景设定在1883年夏天，在Santa Fe的Lester Lloyd去世并下葬了，他所建立的铁路帝国也随之崩溃了，Cooper此时感受到了复仇所带来的痛苦与愉悦，但这只是很短的瞬间，因为有新的灾难出现了并再次威胁着他，Doc McCoy失踪了，据说他被绑架后遭人下了毒，Santa Fe的教堂里有人约见了Cooper ，在那这些人开始了一个邪恶的计划：为了保证Docs的生命，神秘人让Cooper背负着犯罪的污名完成了几个任务，为了拯救Doc McCoy的生命，Cooper必须与他的同伴一起完成任务并最终脱离那里。

【故事简介】

库珀收到一封神秘来信声称医生麦科伊被他们绑架了，库珀必须按照他们的指示去做才能救出自己的朋友。首先信件指示他和他的伙伴到罗切斯特悬崖上的监狱去救出一个名为厄尔·科塔多的罪犯。完成任务后，神秘人约库珀一人到教堂见面，一进门便被两个暴徒压到了忏悔屋里，在里面见到了给他发信件的神秘人，原来就是古德曼的遗孀，她要求库珀要继续做两个任务，完成后才能保证医生的生命，透过门帘库珀看到了中毒的医生瘫倒在教堂的椅子上。

第一个任务要求库珀他们去瑞拉斯的火车站抢劫运武器的火车。萨姆、桑切斯和鹰眼三人进行此次行动。负责护送这列火车的是处事严谨警长马歇尔·布鲁克·哈珀警官，这给萨姆等人造成了不小的麻烦，但到最后还是给萨姆他们把装武器的两节车厢给偷走。对于哈珀警官来说这简直是他的奇耻大辱，于是决定追踪萨姆他们。

另一方面，库珀、凯特和中毒的医生三人正在执行另一个任务，就是抢劫圣塔菲的银行，听说那里最近有一大笔钱，又抢银行？那里简直是库珀的后花园了。原来钱放在银行只是个幌子，钱其实是在仓库。即使是放在地狱库珀也能拿得到，何况是仓库了，库珀等人抢了仓库装钱的马车在士兵面前扬长而去。

经过这一闹，现在全美国都贴满了库珀等人的逮捕令。

按计划，萨姆和桑切斯把火车开到黑水镇，不料却被抓了起来，鹰眼事先趁机跑掉了，黑水镇已经被一伙墨西哥强盗控制了。库珀三人也到达了黑水镇与鹰眼汇合，得知萨姆与桑切斯被抓的同时也知道古德曼的遗孀就在这个镇的某处。帮一个小P孩搭救了他母亲之后得知了古德曼的遗孀的具体位置，居然被人关了起来。库珀他们潜入并找到了找到了古德曼的遗孀，发现原来她也是被逼的，那伙墨西哥强盗原来是古德曼的合作伙伴，在古德曼去世后便挟持了古德曼的儿子威胁古德曼的遗孀以其名义叫库珀代替他们去犯罪。古德曼的遗孀给了医生解毒药，医生逐渐恢复了过来。下一步就是要救出萨姆和桑切斯以及古德曼的小儿子。众人分两路逼近敌人的聚集地——仓库，一路通过火车隧道缝隙进入仓库，一路人把木车推下山坡撞毁仓库另一头的墙壁，分散敌人注意力。最后成功解救了萨姆、桑切斯以及古德曼的儿子。同时库珀在这帮匪徒的小屋里发现了一张字条，上面居然写着在总统演讲的时候刺杀总统的计划，库珀决定前往新奥尔良提醒总统，也借此证明自己的清白。

此时鹰眼决定回去部落，其余的人动身前往新奥尔良，同时哈珀警长已经追到了黑水镇，并知道库珀他们要前往新奥尔良。库伯等5人来到新奥尔良的镇上发现，这里进行戒严，不能带武器进去，结果只有凯特进去了，她的武器似乎隐藏得要比别人好。凯特要做的就是前往小镇港口的油轮，因为这样才能见到总统，提醒他的潜在危险。即使城里也贴满了凯特的逮捕令，但她还是能够想办法进入得了油轮出现在总统面前，总统也很感谢凯尔的提醒。

另一方面库珀等人也没有闲着，他们决定拆除墨西哥强盗们安装在路边的炸弹并干掉强盗据点里的刺客。在此之前他们要躲过士兵们的眼睛，他们现在可是过街的老鼠。萨姆成功地排除了炸弹，赏金猎人们也在激战后消灭了据点里刺客，库珀叫萨姆去找凯特通知总统演讲可以正常进行，刺客已经清除。不料萨姆前脚一走，从据点柜子里窜出一人夺门而出，这个人不是别人，就是墨西哥强盗头子厄尔·科塔多。这下可坏了，科塔多决定在演讲广场旁的木屋里亲手射杀总统。刚才的打斗声也引来了哈珀警长和他的部下，现在库珀再去提醒总统似乎已经来不及，于是库珀与桑切斯、医生三人决定前往阻止科塔多。时间紧迫，没浪费一分钟就等于给总统添加一分危险，而接近科塔多的时候也不要惊动他，搞不好他就向我们的总统开出一枪。最后，库珀还是制服了危险的神射手科塔多，保住了总统的性命。

事后的夜晚，总统在油轮上款待了库珀等人，还在哈珀警官面前宣布了库珀是清白的。库珀与凯特接吻庆祝，此刻只听见天间“啪啪”作响，随着声响天空中出现了五彩缤纷的烟火。至此，游戏介绍。